انمي Night Head 2041 تدور القصة حول الأخوين كيريهارا الذين تم سجنهما منذ صغرهما في منشأة علمية آمنة بسبب قوتهما الخارقة للطبيعة ، بعد أن هربوا الحاجز الذي كان يمنعهما من الهروب. في الجانب الأخر من القصة يوجد أيضًا الأخوين كوروكي الذين يحاولان مطاردة الأخوين كيريهارا.
