بعد معركة شرسة ضد منظمة “أمالاريك” بقيادة الصبي الغامض ستيغما، تعود شاىء إلى اليابان وهي أكثر خبرة وقوة. هناك، تلتقي بفتاة تدعى آي تيننووجي، هربت من قرية النينجا الخاصة بها. تكشف آي لشاي عن مغادرتها للقرية لمطاردة أحد أعضاء “أمالاريك”. وفجأة، تضرب كارثة طوكيو، حيث تُغلف المدينة بكرة سوداء ضخمة وتختفي عن الأنظار. تُرسل شاي وآي، برفقة الأبطال الآخرين، في مهمة محفوفة بالمخاطر لإنقاذ المدينة من براثن الظلام وكشف النقاب عن سرّ اختفائها.
